O Departamento de Botânica tem uma longa tradição em pesquisa e ensino de excelência, liderando descobertas significativas nas mais diversas áreas da Biologia Vegetal e tendo concedido 309 títulos de Mestre e 352 títulos de Doutor em Botânica até o ano de 2014. O corpo docente é formado por 25 Professores, organizados em 10 laboratórios, que desenvolvem desde pesquisa básica até pesquisas aplicadas. Atualmente, as principais linhas de pesquisa desenvolvidas no Departamento de Botânica são:

I) Anatomia de Plantas Vasculares
II) Biologia de Algas
III) Biologia do Desenvolvimento Vegetal
IV) Biologia de Sistemas
V) Recursos Econômicos Vegetais
VI) Sistemática e Biogeografia
VII) Ensino em Botânica