Referência em ensino e pesquisa em nível internacional, este Departamento mantém o Programa de Pós-Graduação em Botânica, o qual detém o mais elevado conceito atribuído pela CAPES à área de Botânica do país.

Através das disciplinas de graduação oferecidas é possível qualificar altamente o biólogo, que fica apto não somente ao conhecimento íntegro em Botânica, mas também à realização de pesquisas de alta qualidade. As atividades de pesquisa são conduzidas por grupos de professores, pós-doutorandos e pós-graduandos, ligados a laboratórios e suas diversas áreas de atuação. Desde o meio acadêmico, o profissional conta com laboratórios completamente equipados com aparelhagem de última geração, projetando-o em sintonia com as mais recentes tecnologias..

Outros grandes diferenciais estão na disponibilização do Fitotério, um espaço composto por estufas, casas de vegetação e áreas ajardinadas para uso didático e experimental; bem como no Herbário SPF que possui 300.000 coleções de algas, plantas vasculares e madeiras, uma importante referência internacional.

Os grupos atuantes do departamento publicam frequentemente materiais em revistas nacionais e internacionais, com grande repercussão no meio acadêmico, chegando a setores governamentais e da sociedade, como por exemplo aplicação de métodos em biotecnologia e decisões sobre conservação de biodiversidade e manejo ambiental.