A origem do Departamento de Botânica (DB) remonta a 1934, ano em que foi criada a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras (FFCL) da Universidade de São Paulo. Theodoro Ramos, renomado matemático e Diretor do Ensino Superior do Brasil, chefiou uma equipe que foi à Europa contratar pesquisadores para compor o corpo docente da FFCL. Convidou então o Prof. Felix Kurt Rawitscher, da Universidade de Freiburg (Alemanha) para fundar o Departamento de Botânica. Rawitscher iniciou seus trabalhos na USP em 30 de junho de 1934, provisoriamente na Faculdade de Medicina. Contratou vários auxiliares, inclusive o horticultor Georg Seyfried, especialista diplomado na Alemanha, que organizou um jardim com plantas destinadas ao ensino e pesquisa.
De 1938 até 1969, a FFCL instalou-se no Palácio Jorge Street, na esquina da Alameda Glete com a rua Guaianazes. Em 1949, a Seção de História Natural foi transferida para o histórico prédio da Rua Maria Antonia, na Vila Buarque.
O primeiro assistente de Rawitscher foi Karl Arens, do Instituto de Botânica de Colônia. Arens deixou o DB poucos anos depois, sendo substituído por Hermann Kleerekoper, cuja permanência no DB também foi efêmera. Rawitscher então convidou para ser seu assistente Mario Guimarães Ferri, um licenciado da 3ª turma de alunos da Seção de História Natural, que desde 1939 vinha sendo um de seus colaboradores. Rawitscher ampliou o quadro de docentes do DB, mediante a contratação de duas ex-alunas de História Natural: Berta Lange de Morretes e Mercedes Rachid, ambas licenciadas no início da década de 1940.
Nessa primeira fase, os docentes do recém-criado DB dedicavam-se principalmente a duas linhas de pesquisa: anatomia e ecologia de plantas. Felix Rawitscher foi o pioneiro no Brasil na pesquisa em ecologia. Os trabalhos de seu grupo tratavam principalmente de ecologia do cerrado, com foco na economia hídrica das plantas. Paralelamente, os docentes do DB desenvolviam pesquisas sobre anatomia, com ênfase em plantas do cerrado.
Na década de 1940, ocorreu também a contratação de Aylthon Brandão Joly. Seus primeiros trabalhos foram sobre florística e taxonomia de angiospermas. Elaborou uma tese de doutorado centrada no levantamento das plantas dos campos do Butantã, local onde mais tarde seria instalado o campus da Universidade de São Paulo. Posteriormente, Joly mudou o foco de suas pesquisas, passando a dedicar-se à florística e taxonomia de algas. Foi o pioneiro na pesquisa sobre algas na América do Sul, tendo exercido significativa influência no estabelecimento da ficologia na Argentina e no Chile. No início da década de 1960, foram contratados Eurico Cabral de Oliveira Filho e Yumiko Ugadim, que fizeram doutorado sob a orientação de Joly em taxonomia de algas, além de Kurt Günther Hell, que realizou estudos sobre taxonomia de briófitas. Mais tarde, Günther Hell passaria a se dedicar a pesquisas em fisiologia vegetal.
A partir da década de 1960, as diversas escolas da FFLC passaram a ocupar edifícios próprios no campus da USP, no bairro do Butantã. Os atuais edifícios André Dreyfus, Ernesto Marcus e Aylthon Brandão Joly, do Instituto de Biociências, são dessa época. Desde então, o DB ocupa dependências dos Edifícios André Dreyfus e Aylthon Brandão Joly.
Deve-se a Joly o planejamento do paisagismo dos ambientes em torno dos edifícios e do jardim do Instituto de Biociências (fitotério). Originalmente, os ambientes do jardim representavam vários ecossistemas da flora brasileira, como florestas úmidas, cerrado, mangue e restinga.
Nas décadas de 1950 e 1960, houve a contratação de professores que, sob a liderança direta ou indireta de Mario G. Ferri, começaram a desenvolver pesquisas em Fisiologia Vegetal. Incluem-se nesse grupo Antonio Lamberti, Leopoldo Magno Coutinho, Marico Meguro, Maria Amélia B. de Andrade, Walter Handro e Sérgio Teixeira da Silva. Coutinho, Meguro e Teixeira da Silva concentraram suas pesquisas em ecologia, com ênfase na vegetação do cerrado.
Em 1963, foram contratadas Walkyria Rossi Monteiro e Nanuza Luiza de Menezes para compor, com Berta L. de Morretes, o grupo de anatomia vegetal. Em época e circunstâncias similares, também foram contratados José Fernando Bandeira de Melo, José Maria Margarido e Valdovino dos Santos, que permaneceram pouco tempo no DB. Nanuza Menezes e Walkyria Rossi introduziram no Brasil as pesquisas sobre vascularização floral, frequentemente como subsídios taxonômicos. Os trabalhos de Menezes produziram resultados úteis para a taxonomia de Velloziaceae.
Até a época da implantação da Reforma Universitária (1970), o DB contava com docentes envolvidos em pesquisas sobre ecologia, fisiologia, anatomia e ficologia (florística e taxonomia de algas). Com a Reforma, ocorreu a transferência de um grupo de docentes lotados na Faculdade de Farmácia e Bioquímica (atualmente Faculdade de Ciências Farmacêuticas) para o DB. Alguns deles permaneceram pouco tempo no DB. Outros permaneceram por um período considerável, como Astolpho de Souza Grotta, José Bonzani da Silva, Orestes Scavone e Sylvio Panizza. Na ocasião foram incorporados ao DB patrimônios importantes que estavam alocados na Faculdade de Farmácia e Bioquímica, como a coleção de espécimes do herbário SPF e a coleção dos volumes da Flora Brasiliensis. Grotta e Scavone dedicaram-se à anatomia de plantas medicinais, Oliveira e Panizza à taxonomia, com ênfase em grupos de interesse medicinal, enquanto Bonzani da Silva introduziu no DB as pesquisas sobre fitoquímica e quimiotaxonomia. Tempos depois, Panizza ganhou destaque, principalmente nos meios de comunicação, com a divulgação das propriedades medicinais das plantas.
Em 1973, foram implantados na USP os programas de pós-graduação. O programa do DB foi o pioneiro em Botânica no Brasil. Na época, muitos jovens de diversas partes do Brasil chegavam à USP, a fim de dar início a um programa de pós-graduação em Botânica. Dentre eles, muitos concluíram o mestrado e o doutorado, sendo depois contratados em instituições de vários estados brasileiros. Com o tempo, acabaram estabelecendo-se como novas lideranças da pesquisa em Botânica e áreas afins.
Vários docentes ingressaram no DB na década de 1970, num período em que ainda cursavam a pós-graduação. Foram os casos de Margarida Venturelli e Maria Emília Maranhão Estelita, alunas de pós-graduação de Morretes; Ana Maria Giulietti, aluna de Aylthon B. Joly; Édison José de Paula, aluno de Eurico C. de Oliveira Filho; Maria Luiza Faria Salatino e Antonio Salatino, alunos de José Bonzani da Silva; Gilberto B. Kerbauy, aluno de fisiologia vegetal de Kurt G. Hell. Na época, Joly havia migrado da ficologia, num regresso à taxonomia de angiospermas, movido pelo impacto que lhe causara a flora dos campos rupestres. Partindo de uma iniciativa de Joly, e contando com o entusiasmo e apoio de Nanuza Menezes, Giulietti e seus alunos iniciaram trabalhos sobre florística e taxonomia de grupos típicos de campos rupestres. Isso representou um notável impulso à pesquisa em taxonomia de angiospermas no DB. O herbário SPF converteu-se na principal coleção de plantas desse ecossistema. Pesquisadores de outras áreas de pesquisa do DB (como anatomia e fitoquímica) agregaram esforços com vistas ao levantamento de informações sobre plantas de campos rupestres. Auxiliados por Marico Meguro, Kurt G. Hell e Gilberto B. Kerbauy implantaram no Laboratório de Fisiologia Vegetal as técnicas de cultura de tecidos em estudos sobre radiação ionizante e, posteriormente, em abordagens de diferenciação celular em tecidos maduros e meristemáticos. Graças a essas pesquisas, houve a criação, em 1979, da primeira empresa privada brasileira de biotecnologia celular com orquídeas. Também na década de 1970, Walter Handro passou a realizar pesquisas com cultura de tecidos.
Em 1975, foi criado o Departamento de Ecologia no Instituto de Biociências da USP. Leopoldo M. Coutinho, Marico Meguro e Sérgio Teixeira da Silva transferiram-se para o recém-criado departamento.
Na década de 1980, o corpo docente do DB continuou a expandir-se. Para a área de fisiologia, foram contratadas Jane Elizabeth Kraus, Eny S. Floh, Helenice Mercier e Marie-Anne Van Sluys; para anatomia, Verônica Angyalossy; para ficologia, Estela Maria Plastino e Flávio Augusto S. Berchez; e para taxonomia de angiospermas, José Rubens Pirani e Renato de Mello-Silva. Em 1987, Jane E. Kraus transferiu-se para a equipe de Anatomia Vegetal. No período, houve expansão e rearranjo de áreas de todos os laboratórios. A ampliação de espaços para pesquisa no DB foi ainda maior na década seguinte, graças à construção do Centro Didático do Instituto de Biociências, permitindo que áreas do Edifício André Dreyfus e Aylthon Brandão Joly, antes ocupadas para fins didáticos, fossem liberadas para implantação de laboratórios de pesquisa. O Laboratório de Anatomia Vegetal passou a fazer pesquisas com observações em nível de infraestrutura, tanto em microscopia eletrônica de transmissão quanto de varredura. Houve a divisão do grupo de fisiologia vegetal em dois laboratórios: Fisiologia Vegetal e Biologia Celular de Plantas. Às pesquisas de morfogênese e desenvolvimento de plantas, os dois laboratórios acrescentaram abordagens sobre metabolismo e biotecnologia, incluindo microprapagação de espécies ameaçadas de extinção e de plantas economicamente importantes. Marie-Anne Van Sluys iniciou abordagens em biologia molecular, inicialmente com estudos de transposons. Sob a liderança de Eurico C. de Oliveira Filho, a equipe de ficologia ampliou a abrangência de suas pesquisas, introduzindo abordagens em ecologia, propagação e aproveitamento econômico de algas.
Em 1993 teve início com Gilberto B. Kerbauy e Helenice Mercier os primeiros estudos no Brasil sobre quantificação de hormônios vegetais endógenos, por meio de cromatografia líquida de alto desempenho. Em 1994, logo após o ingresso de Mariana Cabral de Oliveira (para integrar a equipe de ficologia), ela e Van Sluys promoveram a implantação do laboratório de biologia molecular. O instrumental do laboratório foi sendo gradativamente ampliado, graças principalmente ao engajamento das duas docentes e seus colaboradores no sequenciamento do genoma do fitopatógeno Xylella fastidiosa, no qual o DB teve acentuado destaque. Passou a ser reconhecida no DB uma nova linha de pesquisa: genética molecular de plantas. Paralelamente, foram se tornando mais frequentes no DB as pesquisas em filogenia molecular de organismos fotossintetizantes. Depois de introduzir no país as pesquisas sistemáticas de flavonoides e ceras naturais, o laboratório de fitoquímica passou a realizar estudos de ecologia química, filogenia molecular, plantas medicinais e foi um dos pioneiros no Brasil nos estudos de composição de própolis.
Ainda na década de 1990, Déborah Y. A. C. dos Santos (fitoquímica) e Paulo Takeo Sano (taxonomia de fanerógamas) ingressaram no DB. Além de se integrarem às respectivas áreas de pesquisa, esses docentes iniciaram trabalhos visando a melhoria do ensino de Botânica nos níveis fundamental e médio. A relevância desse novo tema foi referendada pelo DB com a contratação, em 2008, de Suzana Ursi, especialista em ensino, com experiência em ficologia.
São do atual milênioos ingressos no DB de vários docentes. Diego de Marco, Gladys F.A. Melo de Pinna e Gregório C.T. Ceccantini integraram-se ao grupo de anatomia; Cláudia Maria Furlan, ao grupo de fitoquímica; Lúcia Garcez Lohmann, ao grupo de taxonomia de fanerógamas; Luciano Freschi e Marcos Silveira Buckeridge, ao de fisiologia; Maria Magdalena Rossi, ao de genética molecular, enquanto Fanly Fungyi Chow Ho e Valéria Cassano integraram-se ao grupo de ficologia.
Em vista do acima exposto, nota-se que a pesquisa no DB é multifacetada, abrangendo praticamente todas as vertentes históricas e hodiernas da biologia vegetal. Progressos expressivos vêm ocorrendo recentemente em todos os laboratórios, com a promoção de avanços e introdução de novas abordagens, visando ao enquadramento de suas linhas aos horizontes da investigação básica e biotecnológica. Tem havido uma expressiva ampliação e modernização do instrumental de pesquisa em todos os laboratórios. Marcos Buckeridge implantou o Laboratório de Fisiologia Ecológica de Plantas (LAFIECO). Em colaboração com o grupo de Van Sluys e preocupado com as mudanças climáticas, o LAFIECO vem atuando em projetos visando à produção de biocombustíveis. Em taxonomia de organismos fotossintetizantes, são crescentes os números de projetos envolvendo filogenia e ecologia moleculares e conservação. Em anatomia, novas linhas foram introduzidas, incluindo evolução, histoquímica e paleobotânica. Em fisiologia e genética molecular, trabalhos vêm sendo conduzidos sobre metabolismo e expressão gênica.
Com os esforços de José R. Pirani, Renato de Mello-Silva e demais pesquisadores do grupo de taxonomia de fanerógamas, o herbário SPF assumiu características modernas e o seu acervo continua expandindo, contando atualmente com mais de 210.000 exsicatas, especialmente de plantas da Cadeia do Espinhaço e montanhas do Brasil Central, além da mais ampla coleção de algas da América Latina. Abriga também uma das melhores xilotecas do país. As coleções são regularmente estudadas por especialistas brasileiros e estrangeiros. Em escala crescente, as coleções do SPF ficam mais acessíveis ao público, com a gradual disponibilização de dados eimagens na rede. Como Editor-Chefe, Pirani vem mantendo o Boletim de Botânica, um dos periódicos mais tradicionais do país. Em 2013 uma reestruturação do DB foi realizada e novas áreas foram oficialmente criadas, como as de Sinalização e Redes Regulatórias de Plantas, Fisiologia do Desenvolvimento Vegetal, Biologia de Sistemas e Ensino em Botânica. Em época recente, houve dois concursos para contratação de novos docentes para atuar junto à linha de Biologia de Sistemas, nos quais foram selecionadas Cristiane Calixto e Maria Teresa Portes.
A qualidade do ensino e da pesquisa do DB reflete-se no conceito 7, atribuído pela CAPES ao seu programa de pós-graduação, que corresponde ao mais elevado nível que a Botânica atingiu no Brasil.