Os programas de mestrado e doutorado iniciaram suas atividades oficialmente, no Instituto de Biociências da USP, em 1970. No entanto, de fato, as primeiras orientações datam de antes de 1970, pois ocorreram ainda no âmbito da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo, antes da reforma universitária. Portanto, é certamente um dos programas de pós-graduação na área biológica mais antigo e tradicional do país.


Contou, desde a sua fundação, com cientistas renomados no país e fora dele, pela sua capacidade de investigação e orientação, como Crodowaldo Pavan, Antônio Brito da Cunha, Oswaldo Frota-Pessoa, Pedro Henrique Saldanha, Luis Edmundo de Magalhães, Bernardo Beiguelman, entre outros. Até o fim de 2008,  formamos 335 mestres e 305 doutores. O programa, pela qualidade, idade e tradição, teve papel fundamental na nucleação de diversos outros centros de pesquisa e ensino no país. Diversos de seus egressos são atualmente docentes de Universidades públicas e privadas ou atuam em centros de pesquisa de qualidade.